В конфиг /etc/ssh/sshd_config добавляем

ForceCommand logger -p user.notice "$SSH_ORIGINAL_COMMAND"; bash -c "$SSH_ORIGINAL_COMMAND"; bash

Проверяем и релоадим ssh

sshd -t
service sshd reload

Теперь запросы вида

ssh user@ip ls -la

будут логироваться либо в messages либо в syslog в зависимости от дистрибутива

Oct 29 11:34:14 localhost user[1100022]: ls -la